ストーリーモードのミッションは以下の種類があります。

バトルミッション：戦術機を用いて目標達成を目指すミッション

鑑賞ミッション：バトルはなくストーリーを鑑賞するミッション

開発ミッション：パーツ素材やコンテナを納品し、新たな戦術機を開発できるミッション

※鑑賞ミッションは、初回は自動で実行されます。

プロローグをクリアすると『シミュレーター』というバトルミッションが出現します。

シミュレーターは任意のBETA１種類のみが出現するミッションで、練習にうってつけです。

ミッションを進めていくとミッションがいくつか追加出現します。

ミッションを進めていくと『ミハイルリンク』というバトルミッションが出現します。

ミハイルリンクは通常のミッションと異なりストーリーはありませんが、開発ミッションの納品に必要なコンテナがドロップします。

通常のミッションよりBETAが強く難易度が高くなっています。途中で撃墜されてもそれまでに入手したドロップは残ります。

ミッションを進めていくと、複数のミッションが同時に出現することがあります。

ストーリーの展開や出現する敵、ミッションの難易度が異なり、選択によってはその後の展開が変化します。

分岐した一部のミッションは、片方をクリアするともう片方はプレイできなくなります。

プレイできなくなったミッションは、強制ループによる進行の巻き戻しや『確率時空干渉リセット』の実行でやり直すことができます。

分岐するミッションは、クリアすると「EmotionalDecision」のゲージ、または「LogicalDecision」のゲージ、あるいは両方のゲージが上昇する場合があります。

２つのゲージはミッション選択画面の上部に存在し、両方のゲージのバランスで天秤の傾き具合が変わります。

この天秤の傾き具合によってエンディングの展開に変化が現れます。

特定のミッションをクリアすると確率時空ループ（ストーリーの巻戻り）が発生します。

確率時空ループが発生するミッションは、一度クリアするとループ発生マークがつきます。

巻き戻った先から続くミッションについては、過去にクリア済みであっても、前提となるミッションをクリアしないと再プレイできなくなりますのでご注意ください。

ループした先のミッションをクリアすることで、新たな選択肢が現れる場合があります。

（クリア済みの巻き戻ったミッションには「Reccured」が表示されますので、選択の参考にしてください）

『確率時空干渉リセット』をすることで、因果の天秤の結果をリセットし、ミッションを最初からやり直すことができます。

※確率時空干渉リセットはミッションのクリア状況のみをリセットします。習得したスキルや熟練度、獲得したアイテムは全て引き継ぎます。

※確率時空干渉リセットを実行すると元に戻すことはできません。ご注意ください。

実績などで獲得した報酬を取得できます。

受け取った後でも受信履歴から過去の報酬を確認できます。