『Project MIKHAIL』は大きく分けて2つのモードをプレイすることができます。

戦術機でミッションに出撃し、BETAとバトル。

倒したBETAから機体パーツやアイテムを収集。

集めたパーツを装備、または新たにパーツを製造・改造して戦術機を強化。

強化した戦術機で新たなミッションに挑戦。

これが基本的な遊び方です。そして『Project MIKHAIL』には

ストーリーモード、サバイバルモードの２つのゲームモードがあります。

白銀武となって、マブラヴ オルタネイティヴの物語を追体験できるゲームモードです。

ミッションをクリアする毎に新たなミッションが出現し、ストーリーが展開していきます。

時にはミッションが分岐することも。

選択したミッション次第で結末が一部変化します。

名も無き衛士として、確率時空を生き抜くゲームモードです。

横浜基地を含む日本の拠点を侵攻するBETAと戦う「BETA侵攻対処」と、

５つの派閥から発令されるミッションを選択/遂行していく「作戦」を交互に進めていきます。

選択した派閥の比率やBETA侵攻対処の結果に応じて８つのエンディングに分岐します。